実際に当サイトをバージョンアップしてみました。
MODx9.6.3に添付されているアップグレード方法をそのまま試しましたが、プラグインの関係で若干問題が出てしまったので対処方法も含めまとめてみます。
1.PHPMYADMINやMODx標準のバックアップツールを用いて、データベースのバックアップを行う。
2.FTPツールやLinuxコンソールを使ってサイト全体をバックアップしておく。
上記二点は必ずやっておきましょう。
3.MODx9.6.3を解凍し、assets,install,manager,index.php,index-ajax.phpをBinaryモードで上書きアップロードする。
※アップできないファイルがCache関連で2点ありましたが他サイトでは起こらなかったため、無視して問題ないと思われます。
4.manager/includes/config.inc.phpを書き込み可能にして、http://yoursite/install/を実行。
5.アップグレードインストール(上から2個目)を選んで実行。
6.あとは指示通りで完了します。installを消す等の作業はお忘れなく。
既存のDittoページ等が上手く動作しなかったので2.1を単体でDOWNLOADしてきてインストールし直しましたが、当方で管理している他サイトでは問題が発生しなかったので、スニペットの個別設定等をしていると、9.6.3で上書きされるため、問題が出る可能性があります。
他にもあるかもなので、追記予定です。